총회 임원회가 본 교단과 오엠에스가 협의, 추진하고 있는 교회진흥협의회 운영에 대해 문제를 제기하고 나섰다. 임원회에서는 총회에서 예산을 지원하여 운영됨에도 임원회 보고나 동의 없이 본 교단 몫의 이사가 파송되고 회칙이 제정되었으며 대원 선발이 진행되었음이 지적되었다.
또한 총회본부 운영규정에 준해 선임되어야 할 원장을 절차에 따라 선임하지 않았으며 명시된 자격기준에 미달된 사람을 대원에 선발하였다는 문제 등이 제기되었다. 이러한 임원회의 지적내용이 사실이라면 이는 임원회의 권한에 대한 침해이며 절차와 과정이 잘못된 것이다.
교회진흥협의회가 헌법에 명시된 조직이 아니고 오엠에스와 본 교단이 협력하여 조직한 한시적 기구라 할지라도 총회의 법과 규정에 근거해 설치되어야 하며 운영되어야 한다는 것은 분명하다. 만약 일부의 주장처럼 국내선교위원회 산하 기구나 임의기구라면 총회가 1억5천여만원을 지원해야 할 하등이유가 없다. 그런 점에서 총회 임원회가 그동안의 일방적 운영에 문제를 제기하고 나선 것은 정당한 문제제기라 할 것이다.
그러나 이번 문제제기가 교회진흥협의회 운영을 제약하거나 지나치게 간섭하는 것이 되어서는 안된다. 작은 교회를 돕고 이들 교회가 부흥성장할 수 있도록 컨설팅을 하고 지원하는 일은 계속되어야 하며 국내선교위원회가 해당부서로서 중심에 서서 이 일을 감당해야 한다. 다만 일을 추진하는 과정에 교단의 법과 질서를 지켜 진행해야 한다. 아무리 중요한 일이라도 법과 원칙, 절차를 거스른다면 스스로의 정당성을 잃고 말 것이다.