목회상담의 본질은 내담자가 안고 있는 상처, 갈등, 불안을 놀라운 상담자이신 하나님과의 역동적인 치유관계로 인도하도록 돕는 것이다. 목회상담자는 그의 언어와 삶을 통하여 내담자를 치유하시고, 안내하시며, 화해시켜 주시고, 양육시켜 주시는 하나님과의 밀접한 만남을 갖도록 돕는 일이 그 일차적 과제다. 문제의 본질을 정의하는 능력, 탁월한 상담기술, 개입능력 등은 오히려 목회상담자에게 있어서는 이차적인 과제이다.
목회상담은 고민을 개선하고, 성장을 촉진시켜주는 구조적 관계를 이용한다는 점에서 다른 유형의 상담과 관계된다. 그러나 그들이 내담자를 돕는 방법은 일반 상담과는 달리 독특하다. 즉, 그들은 기독교적 가치관을 대표하므로 내담자를 상담자가 아닌, 치유의 근원이 되시는 하나님과 부딪쳐 만나도록 돕는다. 그런 점에서 목회상담자는 하나님을 상담 과정 중에 임재하시는 상담의 동반자로 믿어야 한다.
목회상담자 데이빗 베너는 “상담은 상담자가 도움을 구하는 사람과 구조 속에 더불어 존재하는 것이다”라고 정의하고 △상담은 행위보다 존재에 그 우선순위를 둔다. △존재는 더불어 존재함의 형태를 가진다. 또 △존재함은 구조 속에 들어있음을 의미한다고 설명했다.
상담을 행위보다 존재에 “우선순위를 둔다"는 말의 뜻은, 상담의 요체는 그 사람이 무엇을 하느냐 보다는 어떤 사람이냐에 관심을 가진다는 말이다. 더 나아가, 상담의 기술보다는 상담자의 인격이 우선한다는 말이다. 즉, 기술의 적용보다는 인격적 만남에 관심있다.
또 ‘더불어 존재한다’는 말은, 상담자의 인격과 내담자의 인격이 더불어 존재의 차원에 들어섬을 의미한다. 하나님께서 삶의 한 복판에서 그의 백성들과 더불어 존재하신다고 하는 성서적 메타포는 언약의 본질을 가장 잘 나타내 주며, 상담의 본질을 잘 설명해 준다. 즉 고통과 투쟁의 한 복판에서 신실함과 위로로 실존적으로 타인과 더불어 존재함으로 상담의 핵심 그 자체가 된다.
또한 ‘구조 속에 존재한다.’라는 의미는 상담에서도 어느 정도 최소한의 규율을 갖고 있음을 의미한다. 다시 말하면, 훈련된 상담자가 내담자와 더불어 존재하는 것이다. 상담자가 상담에 접근하는 일정한 이론과 기술에 대하여 훈련을 받아야 내담자를 지도, 안내, 유지시켜 줄 수 있는 것이다.
“목회상담은 고통 받는 사람으로 하여금 하나님의 은총과 신실하신 임재를 깨닫게 하고, 그렇게 함으로, 이것들을 실현해가는 가운데 더욱 넉넉한 삶을 살도록 그들의 능력을 증진시켜주므로 그들에게 위로를 제공하는 구조를 가진 시간적으로 제한된 관계설정을 의미한다.”(데이빗 베너)